構成するアミノ酸の構造が異なります。ポリ-L-リジンは天然型と呼ばれれるL体リジンで、ポリ-D-リジンは光学異性体であるD体リジンで構成されてます。ポリリジンは細胞の接着性を促進しますが、L体、D体で顕著な差を示す情報は得られておりません。D体リジンで構成されたポリペプチド鎖は細胞によって代謝されない、つまり、接着促進以外の効果は生じないだろうという考え方の下に選択されることがあるようです。